Im ÖPUL 2000 wurde der Erhalt gefährdeter Nutztierrassen nochmals neu organisiert und von der ÖNGENE das Generhaltungsprogramm 2000 ausgearbeitet, das auch gefährdete Pferde-, Schaf-, Ziegen- und Schweinerassen speziell berücksichtigt. Die gefährdeten Nutztierrassen werden in Zukunft als „seltene, erhaltungswürdige Nutztierrassen“ bezeichnet.
Das Generhaltungsprogramm 2000 wurde für das ÖPUL 2007 - 2013 adaptiert.
In diesem Generhaltungsprogramm wurde folgendes festgelegt:
- eine neue Rassenliste
- die Verantwortlichen Organisationen
- die Generhaltungsmaßnahmen und
- die Führung eines Populationsplanungsprogrammes