Mit dem Beitritt Österreichs zur Europäischen Union 1995 wurde der Erhalt gefährdeter NTR an das Österreichische Programm zur Förderung einer umweltgerechten, extensiven und den natürlichen Lebensraum schützenden Landwirtschaft (ÖPUL) gebunden.

Im Rahmen dieses ÖPUL 95-Programmes wurde die Förderung der Haltung gefährdeter landwirtschaftlicher NTR neu festgeschrieben und die Erhaltungsmaßnahmen von der ÖNGENE gemeinsam mit dem BMLFUW überarbeitet.   Landwirte, die sich zur Zucht und Haltung gefährdeter Rassen entschieden haben, konnten am Erhaltungszuchtprogramm mit folgenden Auflagen, die finanziell abgegolten wurden, teilnehmen:

• Die Tiere mußten reinrassig sein und in der Rassenliste für gefährdete NTR enthalten sein.
• Es mußte ein Herdebuch bzw. Tierregister durch eine von einer Landwirtschaftskammer anerkannten Zuchtorganisation geführt werden.
• Die Zuchtorganisation hatte die Reinrassigkeit der Zuchttiere zu bestätigen.
• Die Anpaarung war nur mit einem reinrassigen Vatertier derselben Rasse erlaubt.
• Bei den Rinderrassen waren die Anpaarungsempfehlungen entsprechend dem Heterozygotieprogramm wie bisher zu berücksichtigen. Sie galten als Voraussetzung für die Zuerkennung von Fördermittel.

Über 3500 Betriebe nahmen am ÖPUL 95-Programm zur Erhaltung gefährdeter Rinderrassen teil und etwa 1,6 Mill. Euro wurden pro Jahr an gezielten Fördermittel zur Erhaltung gefährdeter NTR ausbezahlt.

Die zahlenmäßige Stabilisierung bzw. Vermehrung der Populationen gefährdeter NTR konnte mit den Erhaltungsmaßnahmen im ÖPUL 95 zufriedenstellend verwirklicht werden. Trotzdem gab es keine ausreichende Kontrolle über populationsgenetische Parameter für kleine Zuchtherden wie Inzuchtgrad, Inzuchtzunahme, effektive Populationsgrösse, d.h. den tatsächlich breiten, gleichmäßigen Einsatz der Vatertiere.

Diese Parameter sind ein wichtiger Maßstab für die Erhaltung der genetischen Vielfalt und notwendig für den nachhaltigen Bestand einer gefährdeten Rasse. Außerdem war die Erhaltungstätigkeit großteils auf einzelne Bundesländer beschränkt, die entsprechend den Landestierzuchtgesetzen Erhaltungszucht betrieben. Bundesländerübergreifend, d.h. österreichweit einheitlich, konnten kaum Erhaltungsmaßnahmen wahrgenommen werden.

Es wurden daher weitere umfangreiche züchterische Maßnahmen von der ÖNGENE ausgearbeitet, im "Generhaltungsprogramm 2000"  zusammengestellt und vom BMLFUW genehmigt.